Ab 1685 wurde auf dem vormaligen Zollgelände ein Kapuzinerkloster erbaut. Die Kirche, das anschließendes ehemaliges Klostergebäude sowie einige Wehrmauern sind noch erhalten. Nachdem das Kloster 1802 säkularisiert wurde, diente St. Nikolaus weiterhin als Pfarrkirche. Das ehemalige Klostergebäude ist heute Pfarrzentrum. Im Inneren ist die Kirche schlicht gestaltet. Die ursprüngliche Ausstattung ist weitgehend erhalten. Das einschiffige Langhaus hat ein Tonnen-, der eingezogene Chor ein Kreuzgewölbe. Hinter dem Hochaltar befindet sich der tonnengewölbte ehemalige Mönchs-Chor.
Das ehemalige Bacharacher Kloster ist in seiner Baustruktur aus der Zeit um 1700 recht gut erhalten. In Bacharach waren (mit Unterbrechungen) seit 1621 Kapuziner ansässig. Die Kapuziner versorgten seelsorgerisch auch beachbarte Pfarreien. Das Kloster wurde 1802 aufgehoben. Ein Bruder verblieb als Pastor der Pfarrei in Bacharach. Im Bundesland Rheinland-Pfalz befindet sich kein Kapuziner-Kloster mehr; das nächste existiert in Frankfurt. Die Kapuziner in Deutschland, Belgien, Tirol und den Niederlanden sind in der Deutschen Kapuzinerprovinz zusammengeschlossen.
Die Kirche ist nur zu den Gottesdienstzeiten geöffnet.
